Giáo hoàng Leo IX sinh tại thánh Toul (Lorraine), Pháp vào ngày 21 tháng 6 năm 1002 với tên khai sinh là Bruno von Eguisheim-Dagsburg.

Giáo hoàng Leo IX là người Alsace với bản tính sôi nổi, vừa là nhà thần học, vừa là một vị tướng cầm quân đánh giặc, vừa là một tâm hồn thánh thiện, gương khiêm nhường.

Là tuyên uý của Hoàng Đế Conrađô II. Giám mục Toul được Henri III và các Giám mục Đức ở nghị hội Worms đặt lên ngôi Giáo hoàng.

Ông đã cương quyết từ chối cho đến khi việc tiến cử đó được hàng giáo sĩ Roma chấp nhận và đến Roma như đi hành hương và yêu cầu các giáo sĩ Roma bầu cử lại (1045-54). Sau đó ông được hàng giáo sĩ và dân Roma bầu chọn cách tự do. Việc bầu cử ở Worms được xác nhận và ông trở thành Giáo hoàng với niên hiệu Lêo IX.

Khi còn là Giám mục ở Toul, ông đã thường xuyên liên hệ với Cluny, và trên đường đi lãnh nhận chức vụ tối cao trong giáo hội, đã ghé vào Cluny để đem theo đan sĩ Hindebrand làm cố vấn, sẽ là Giáo hoàng Gregory VII sau này. Truyền thống kể rằng khi đến Roma, ông bước chân không vào thành như dấu chỉ của người khiêm nhu.